Toplam uzunluğu 1100 km.yi biraz aşan deniz kıyıları ile Muğla ülkemizin en uzun sahil şeridine sahip ilidir. Muğla ilinde ayrıca iki büyük göl bulunmaktadır. Bunlar Milas ile Aydın ilinin Söke ilçesi sınırları dahiline yayılan Bafa Gölü ile Köyceğiz ilçesindeki Köyceğiz Gölü'dür. Önemli iki akarsuyu ise Çine Çayı ve Esen Çayı'dır.
